玉树州是长江、黄河、澜沧江的发源地，境内河网密布。可可西里地区众多的内陆湖泊。黄河干、支流在州境内总长559公里，长江为3380.2公里，澜沧江为1792公里，总流域面积23.80万平方公里，占全州总面积的89.12%。多年平均径流量1022.3立方米/秒，年径流量324.17亿立方米，理论水力蕴藏量542.7万千瓦。地下水资源为114.92亿立方米，冰川储量1899.9亿立方米。可装机容量0.4万千瓦的水电站15座，0.386万千瓦的水电站26座。